كلية أصول الدين بنين
مدة الدراسة بكلية أصول الدين بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية للحصول علي درجة الإجازة العالية ( الليسانس ) في أصول الدين في أحد التخصصات التالية ( التفسير وعلوم القرآن - الحديث وعلومه - العقيدة والفلسفة - الدعوة والثقافة الإسلامية) ويبدأ التخصص من الفرقة الثالثة
كلية الشريعة والقانون شعبة الشريعة والقانون بنين
مدة الدراسة بكلية الشريعة والقانون شعبة الشريعة والقانون بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية للحصول على درجة الإجازة العالية ( الليسانس ) في الشريعة والقانون ، وتدرس فيها علوم الشريعة الإسلامية والعلوم القانونية التي تدرس في كليات الحقوق في جامعات جمهورية مصر العربية.
ويتمتع خريجو هذا القسم بكافة الحقوق المقررة لحاملي درجة الإجازة العالية في الشريعة الإسلامية فضلا عن الحقوق المقررة لحاملي الليسانس في الحقوق من كليات الحقوق في جامعات جمهورية مصر العربية .
كلية الشريعة والقانون شعبة الشريعة الإسلامية
مدة الدراسة بكلية الشريعة والقانون شعبة الشريعة الإسلامية بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية للحصول على درجة الإجازة العالية ( الليسانس ) في الشريعة الإسلامية ، وتدرس فيها علوم الشريعة الإسلامية
كلية اللغة العربية بنين
مدة الدراسة بكلية اللغة العربية بنين بأسيوط اربع سنوات جامعية للحصول علي درجة الاجازة العالية (الليسانس) في أحد التخصصات التالية ( الشعبة العامة - التاريخ والحضارة - مكتبات - وثائق ) ويبدأ التخصص من الفرقة الأولى ويتم اختيار التخصص من خلال التنسيق الالكتروني
كلية التربية بنين
مدة الدراسة بكلية التربية بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية لنيل درجة الإجازة العالية (الليسانس) في الآداب والتربية في أحد التخصصات التالية :
( اللغة العربية - اللغة الإنجليزية ) ويقتصر القبول بها علي الحاصلين علي الثانوية الأزهرية (أدبي)
ولنيل درجة الإجازة العالية ( البكالوريوس ) في العلوم والتربية في أحد التخصصات التالية : ( الطبيعة والكيمياء - التاريخ الطبيعي - الرياضيات ) ويقتصر القبول بها علي الحاصلين علي الثانوية الأزهرية (علمي).
كلية الطب
مدة الدراسة بكلية الطب بنين بأسيوط ست سنوات جامعية لنيل درجة الإجازة العالية (البكالوريوس) في الطب والجراحة ( تليها سنة تدريبية في إحدي المستشفيات الجامعية والتعليمية ).
كلية الصيدلة بنين
مدة الدراسة بكلية الصيدلة بنين بأسيوط خمس سنوات جامعية لنيل درجة الإجازة العالية (البكالوريوس) في العلوم الصيدلية .
كلية طب الأسنان بنين
مدة الدراسة بكلية طب الأسنان بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية تسبقها سنة إعدادية لنيل درجة الإجازة العالية ( البكالوريوس ) في طب وجراحة الفم والأسنان (تليها سنة تدريبية) .
كلية العلوم بنين
مدة الدراسة بكلية العلوم بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية لنيل درجة الإجازة العالية ( البكالوريوس ) في العلوم في أحد التخصصات الآتية :
( الكيمياء الخاصة - الرياضيات الخاصة - علم الحيوان الخاص - علوم البحار والأسماك - الجيولوجيا الخاصة - ميكروبيولوجي - الفيزياء الخاصة - النبات الخاص )
كلية الزراعة بنين
مدة الدراسة بكلية الزراعة بنين بأسيوط أربع سنوات جامعية لنيل درجة الإجازة العالية (البكالوريوس) في العلوم الزراعية في أحد التخصصات التالية :
( الشعبة العامة - المحاصيل - الحشرات الاقتصادية - الأراضي - البساتين -الإرشاد الزراعي - الاقتصاد الزراعي - الإنتاج الحيواني - الحيوان الزراعي - الصناعات الغذائية - أمراض النبات ) والدراسة بالفرقتين الأولي والثانية عامة ويبدأ التخصص في هذه التخصصات من الفرقة الثالثة.
كلية الهندسة الزراعية
مدة الدراسة بكلية الهندسة الزراعية القاهرة فصول أسيوط أربع سنوات جامعية لنيل درجة الإجازة العالية (البكالوريوس) في الهندسة الزراعية
تم إيقاف القبول بكلية الهندسة الزراعية القاهرة فصول أسيوط لعام 2018/2019